Calcul des IJSS sur fiche de paie : le guide

Votre salarié est en arrêt maladie ou en congé maternité ? Ce sont les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) qui lui garantissent une rémunération minimale en remplacement du salaire habituellement versé par l'employeur. Il existe néanmoins des cas particuliers où c’est à l’entreprise de verser ces indemnités… cas qui doit alors obligatoirement figurer sur la fiche de paie !

Quand et comment mentionner les IJSS sur la fiche de paie ? Pour quel montant ? Comment les calculer et dans quel cas est-ce à l’employeur de les verser ? Tout savoir sur la gestion de la paie avec notre article Combo.

Que sont les IJSS ?

Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) représentent une compensation financière fournie par l’Assurance maladie (CPAM) en cas d’arrêt de travail ou de certains congés indemnisés. Cette somme se substitue au salaire, qui n’est alors plus versé par l’employeur pendant cette période d’arrêt temporaire de travail.

Les IJSS sont généralement versées dans les cas suivants :

• Arrêt de travail : maladie non professionnelle, maladie professionnelle, accident du travail ou de trajet ;
• Congé maternité et assimilés : maternité, pathologique prénatal et postnatal, paternité, adoption, deuil ;
• Cure thermale ;
• Temps partiel thérapeutique.

La plupart du temps, le versement de ces indemnités journalières est effectué par la CPAM : les IJSS ne sont donc pas mentionnées dans la fiche de paie du salarié ! En revanche, une retenue sur salaire pour absence doit bien être indiquée sur ce document RH afin de prouver l’absence de l’employé pendant la période d’arrêt.

Dans quelles conditions sont versées les IJSS à un salarié ?

Le versement des IJSS n’est pas automatique. Sauf dans le cas d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle, le salarié doit déjà justifier d’une cotisation minimale à l’Assurance maladie. 

De plus, il faut remplir a minima les conditions suivantes :

• Avoir travaillé au moins 150 heures, au cours des 3 mois précédant l’arrêt de travail ;
• Avoir perçu une rémunération au moins égale à 1 015 fois le montant du SMIC horaire au cours des 6 derniers mois.

Pour une absence de plus de 6 mois, les règles se durcissent :

• Avoir travaillé au moins 600 heures, au cours des 12 mois précédant l’arrêt de travail ;
• Avoir perçu une rémunération au moins égale à 2 030 fois le montant du SMIC horaire au cours des 12 derniers mois.

D’autres conditions peuvent s’ajouter en fonction de la nature de l’arrêt de travail. Le montant est calculé sur la base du salaire brut. Découvrez par exemple les règles sur le salaire en cas d’accident de travail et sur l’arrêt maladie en CDD.

💡 Bon à savoir : le versement des indemnités journalières de Sécurité sociale se lance après un délai de carence de 3 jours (sauf exception comme le cas d’une fausse couche ou d’une interruption médicalisée de grossesse depuis le 1er janvier 2024). Les IJSS sont versées par tranches de 14 jours jusqu’à la date de fin de l’absence, selon une logique calendaire, pour une durée totale de 360 jours sur une période de 3 ans (à l’exception des arrêts de longue durée).

Dans quel cas les IJSS doivent-elles figurer sur la fiche de paie ?

En général, c’est la Sécurité sociale qui verse les IJSS aux salariés en arrêt de travail. L’employeur n’a donc pas à l’inscrire sur la fiche de paie. Seule la retenue sur salaire doit justifier l’absence et la rémunération moindre sur le mois.

Il existe cependant un cas particulier : la subrogation de salaire ! Ce dispositif facultatif permet à l’employeur de percevoir les IJSS de l’Assurance maladie afin de les redistribuer au salarié, tout en y ajoutant un complément de salaire afin d’assurer le maintien du salaire complet. Cette subrogation peut être demandée pour la durée totale ou partielle de l’arrêt. Ce n’est pas une obligation de l'employeur, mais c’est souvent recommandé par les services RH.

Puisque, dans ce cas, c’est l'entreprise qui fournit les indemnités au salarié, les IJSS doivent alors figurer sur la fiche de paie dématérialisée ou papier, au niveau des revenus de remplacement.

🤔 Attention : il est interdit de recourir à la subrogation de salaire si l’employeur décide de ne plus verser de complément de salaire pendant l’arrêt.

Quel salaire verser en cas d’IJSS sur la fiche de paie ? 

Tout d’abord, sachez que l’indemnisation en cas d’arrêt de travail ne doit pas permettre au salarié de percevoir une rémunération supérieure à celle habituelle. Aussi, en cas de subrogation, le montant du salaire maintenu doit être au moins égal au montant des IJSS, sachant que le montant de ces indemnités ne peut pas dépasser 1,8 fois le montant du SMIC.

Les IJSS sont exonérées de cotisations sociales. Elles doivent donc être déduites du salaire brut maintenu, sachant que le montant d’IJSS à déduire est le montant brut, avant déduction de la CSG (6,20 %) et de la CRDS (0,50 %) par la CPAM. Cette information est indiquée sur le bulletin de paie.

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Comment mettre en place une subrogation de salaire ?

C’est l’employeur qui demande la subrogation de salaire au moment de la DSN. Il doit fournir les informations suivantes :

• Motif de l’arrêt ;
• Date du dernier jour travaillé ;
• Date de fin de l’arrêt prévu ;
• Date de début et fin de la subrogation ;
• Coordonnées bancaires de l’entreprise.

Quel est le montant des IJSS ?

En arrêt maladie, les IJSS sont égales à 50 % du salaire journalier brut de référence (basé sur la moyenne des 3 derniers mois travaillés). Le salaire pris en compte pour le calcul est plafonné à 1,8 fois le montant du SMIC en vigueur, soit 3 243,24 euros par mois en 2025. Les indemnités journalières de Sécurité sociale ne peuvent donc pas dépasser 53,31 euros bruts.

En cas d’accident de travail, les IJSS s’élèvent à 60 % du salaire les 28 premiers jours, puis à 80 % par la suite. Elles peuvent être revalorisées à la demande du salarié après 3 mois d’arrêt. 

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