Tout savoir sur la subrogation de salaire

Lorsqu'un de vos employés est contraint de s'absenter pour des raisons telles que la maladie, l'accident, la maternité ou la paternité, et que cette absence est indemnisée par la Sécurité Sociale, le contrat de travail du salarié est alors suspendu, même si ce dernier reste tout de même soumis à certaines obligations. En tout état de cause, dans ce cas, vous avez la possibilité de demander la subrogation de salaire.

Mais qu'est ce que la subrogation de salaire ? Comment fonctionne-t-elle ? Quels en sont les avantages et les inconvénients ? Quelle est la différence avec le maintien de salaire ? Et comment suivre la gestion de la paie ? Zoom sur ce dispositif :

Qu'est-ce que la subrogation de salaire ? Définition et principe

Définition simple de la subrogation de salaire

Malgré son nom un peu barbare, n'y voyez rien de compliqué : la subrogation de salaire est un dispositif que l'employeur peut mettre en place pour percevoir, en lieu et place d'un salarié en arrêt de travail, les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) auxquelles le collaborateur peut prétendre. Une fois que ces indemnités ont été versées à l'employeur, ce dernier les complète avec le complément de salaire qu'il doit au salarié afin de lui remettre un salaire complet.

Autrement dit, la subrogation de salaire est un dispositif qui permet à vos salariés en arrêt maladie de continuer à percevoir leur salaire en une seule fois, directement auprès de leur employeur, plutôt que de recevoir deux versements distincts (un de la CPAM et un de l'entreprise).

Ce mécanisme est encadré par l'article R323-11 du Code de la Sécurité Sociale, qui précise les conditions dans lesquelles l'employeur peut se substituer au salarié pour percevoir les IJSS.

Le principe de fonctionnement de la subrogation

Comme vous le savez sans doute, le salarié a droit à deux indemnisations distinctes durant un arrêt de travail pour cause de maladie :

• Les Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS), versées par sa CPAM, plafonnées et calculées selon le salaire brut des 3 derniers mois. Selon Ameli.fr, elles représentent 50% du salaire journalier de base.
• Le complément de salaire, qui sert à compenser une baisse de rémunération parfois importante. Il est versé par l'employeur et calculé selon un pourcentage prédéfini du salaire, conformément à l'article L1226-1 du Code du travail et à la loi de mensualisation du 19 janvier 1978, seulement à partir du 8ème jour d'absence (après 3 jours de carence).

Comment fonctionne concrètement la subrogation de salaire ?

Comme on l'a vu plus haut, la subrogation de salaire consiste, pour l'entreprise, à toucher les IJSS à la place du salarié en arrêt de travail. De cette façon, le versement des différentes indemnités est regroupé et simplifié : l'employeur pourra verser la totalité des indemnités au salarié en une seule fois. Mais attention : c'est à l'employeur d'avancer les indemnités de l'Assurance maladie : il devra se les faire rembourser par la CPAM.

Avec la subrogation de salaire, vous allez donc verser directement au salarié :

• Les indemnités journalières auxquelles il a droit (puis demander leur remboursement auprès de la CPAM)
• Une indemnisation complémentaire, aussi appelée « salaire maintenu »

Pour pouvoir mettre en place le dispositif, deux conditions sont requises : vous devez continuer de verser le salaire du collaborateur (en totalité ou en partie) pendant toute la durée de l'arrêt de travail ; le salaire maintenu au cours de l'arrêt doit être au moins égal au montant des indemnités que le salarié perçoit pour la même période.

Exemple pratique de subrogation de salaire

Au sein de votre entreprise, un collaborateur percevant un salaire mensuel brut de 2100 euros est en arrêt de travail pour maladie. L'Assurance Maladie a prévu de lui verser une indemnité journalière de 36,66 euros. Vous allez pouvoir utiliser le dispositif de la subrogation de salaire si la convention collective dont vous dépendez prévoit de maintenir son salaire brut (une partie ou la totalité) pendant son arrêt de travail, et si le montant de ce salaire maintenu est au moins égal à 36,66 euros par jour d'arrêt de travail.

Concrètement : Pour un arrêt de 15 jours, la CPAM versera 549,90€ (36,66€ x 15 jours) directement à l'employeur. L'employeur complétera ensuite avec l'indemnité complémentaire prévue par la convention collective pour maintenir le salaire du salarié, puis versera l'ensemble en une seule fois sur le bulletin de paie.

Différence entre subrogation et maintien de salaire

La confusion entre ces deux notions est fréquente, pourtant il s'agit de deux mécanismes bien distincts qu'il est essentiel de comprendre pour une gestion RH efficace.

Le maintien de salaire : une obligation légale

Le maintien de salaire est une obligation légale imposée à l'employeur par l'article L1226-1 du Code du travail et par l'accord national interprofessionnel du 10 décembre 1977. Dès lors qu'un salarié justifie d'un an d'ancienneté dans l'entreprise et qu'il transmet un certificat médical dans les 48 heures, l'employeur doit obligatoirement maintenir tout ou partie de sa rémunération pendant son arrêt maladie.

Selon Service-public.fr, les taux légaux de maintien sont les suivants :

• 90% du salaire brut pendant les 30 premiers jours d'arrêt
• 66,66% du salaire brut du 31ème au 60ème jour d'arrêt
• Ces durées sont augmentées de 10 jours par période de 5 ans d'ancienneté

Il est important de noter que de nombreuses conventions collectives prévoient des conditions plus favorables que le minimum légal.

La subrogation : un mécanisme optionnel

À l'inverse du maintien de salaire, la subrogation de salaire n'est pas obligatoire. Il s'agit d'un choix de l'employeur qui permet de simplifier les flux financiers. L'employeur peut décider de maintenir le salaire d'un employé en arrêt sans pour autant opter pour la subrogation. Dans ce cas, le salarié recevra son complément de salaire de l'employeur et percevra en parallèle les IJSS directement de la CPAM.

La subrogation est donc une modalité de versement, tandis que le maintien de salaire est une obligation de rémunération.

Tableau comparatif subrogation vs maintien de salaire

Bon à savoir : La subrogation ne peut exister sans maintien de salaire, mais le maintien de salaire peut exister sans subrogation. C'est la différence majeure entre subrogation et maintien de salaire qu'il faut retenir.

Conditions et cas d'application de la subrogation

Conditions obligatoires pour la subrogation

La loi impose un cadre très précis quant à la possibilité de mettre en place ce dispositif en entreprise. Pour que la subrogation de salaire soit applicable, trois conditions cumulatives doivent être réunies :

• Le contrat de travail du salarié ou la convention collective doit prévoir en amont le versement partiel ou total du salaire pendant la durée de l'arrêt de travail.
• Le salaire maintenu pendant l'arrêt doit être supérieur ou égal au montant des IJSS versées par la Sécurité Sociale.
• Le salarié doit justifier d'au moins un an d'ancienneté dans l'entreprise (sauf si la convention collective ou un accord d'entreprise prévoit des dispositions plus favorables) et être affilié à la sécurité sociale française.

Si l'une de ces conditions fait défaut, la subrogation ne peut pas être mise en place, même si l'employeur maintient le salaire du collaborateur.

Arrêt maladie et subrogation

L'arrêt maladie est le cas d'application le plus courant de la subrogation de salaire. Dès lors qu'un salarié est en arrêt pour maladie non professionnelle et que les conditions d'ancienneté et de maintien de salaire sont remplies, l'employeur peut opter pour la subrogation.

Dans ce cas, les IJSS sont calculées sur la base de 50% du salaire journalier de base (salaire brut des 3 derniers mois divisé par 91,25), dans la limite du plafond de la Sécurité Sociale. Le salarié doit respecter un délai de carence de 3 jours avant de percevoir les IJSS.

Pour un arrêt maladie avec subrogation, l'employeur avance l'intégralité des sommes dues au salarié et se fait rembourser les IJSS par la CPAM tous les 14 jours en moyenne.

Accident de travail et subrogation

En cas d'accident de travail, la subrogation fonctionne selon le même principe, mais avec quelques spécificités importantes. Contrairement à l'arrêt maladie classique, il n'y a pas de délai de carence pour les IJSS en accident de travail : le salarié est indemnisé dès le premier jour d'arrêt.

Les taux d'indemnisation sont également plus favorables :

• 60% du salaire journalier de référence pendant les 28 premiers jours
• 80% du salaire journalier de référence à partir du 29ème jour

L'accident de travail avec subrogation nécessite que l'employeur ait déclaré l'accident dans les 48 heures auprès de la CPAM, conformément aux obligations légales. Retrouvez ici toutes les infos sur les conséquences d'une déclaration tardive d'un accident de travail par le salarié.

Autres cas d'arrêt de travail concernés

Vous pouvez appliquer la subrogation de salaire pour toute absence indemnisée par la sécurité sociale pour les raisons suivantes :

• Arrêt de travail pour maladie. Découvrez à cette occasion tout ce qu'il faut savoir sur l'arrêt maladie en CDD.
• Arrêt de travail pour maladie professionnelle.
• Arrêt de travail pour accident du travail ou de trajet. Retrouvez notre dossier complet sur l'accident de trajet et le fonctionnement de l'indemnisation lors d'un accident de trajet par la caisse primaire de l'assurance maladie et l'employeur.
• Cure thermale.
• Temps partiel thérapeutique.
• Congé pathologique prénatal et postnatal.
• Congé maternité.
• Congé d'adoption.
• Congé de paternité et d'accueil de l'enfant.
• Congé de deuil.

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Avantages et inconvénients de la subrogation de salaire

Les avantages pour l'employeur

Du côté de l'entreprise, la subrogation de salaire permet de :

• Faciliter la gestion comptable : l'employeur verse directement au salarié la globalité du montant qui lui est dû, ce qui simplifie le suivi et la traçabilité des paiements.
• Éviter les écarts de paiement entre les indemnités journalières et le complément de salaire, ce qui améliore la prévisibilité budgétaire.
• Éviter les erreurs de calcul : la subrogation assure une exactitude dans les versements grâce aux données transmises directement par l'assurance maladie via la DSN.
• Renforcer la relation avec le salarié : en assurant un versement unique et régulier, l'employeur démontre son soutien et sa proximité avec le collaborateur absent.

Les avantages pour le salarié

Du côté du salarié, la subrogation de salaire assure :

• Une continuité de paiement : le salarié n'a pas à attendre deux versements distincts, ce qui évite les décalages de trésorerie personnelle.
• Un paiement en une seule fois de la somme mensuelle à laquelle il a droit pendant son arrêt, directement sur son bulletin de paie habituel.
• Une simplification administrative : le salarié n'a pas à gérer lui-même le versement des IJSS ni à effectuer de démarches supplémentaires auprès de la CPAM.
• Une meilleure visibilité sur sa rémunération totale, puisque tout apparaît de manière transparente sur son bulletin de paie.

Les inconvénients et risques à considérer

Malgré ses nombreux avantages, la subrogation de salaire présente également des inconvénients qu'il convient de prendre en compte avant de mettre en place ce dispositif :

Pour l'employeur :

• Impact sur la trésorerie : L'employeur doit avancer l'intégralité des sommes (IJSS + complément) avant d'être remboursé par la CPAM. Les délais de remboursement peuvent atteindre 14 jours en moyenne, voire davantage en cas de complexité du dossier, ce qui peut peser sur la trésorerie de l'entreprise, particulièrement pour les TPE/PME.
• Charge administrative accrue : La mise en place de la subrogation nécessite un suivi rigoureux des déclarations via la DSN, la gestion des remboursements et la vérification systématique des montants versés par la CPAM.
• Risque d'erreurs de calcul : Le calcul de la "garantie du net" (maintien du salaire net après déduction des IJSS) peut s'avérer complexe et source d'erreurs, notamment en cas de temps partiel, d'heures supplémentaires ou de primes variables.
• Responsabilité en cas d'indu : Si la CPAM verse des sommes indues (par exemple, si l'arrêt de travail n'était finalement pas justifié), l'employeur devra gérer la récupération des montants auprès du salarié.
• Complexité en cas d'arrêts prolongés : Pour les arrêts de longue durée, la gestion peut devenir particulièrement chronophage et nécessiter un suivi mensuel précis.

Pour le salarié :

• Dépendance vis-à-vis de l'employeur : Le salarié dépend entièrement de son employeur pour percevoir l'intégralité de ses indemnités, y compris les IJSS qui lui reviennent de droit.
• Risque de retard de paiement : Si l'employeur rencontre des difficultés financières ou administratives, le salarié peut subir des retards de paiement, alors que les IJSS auraient été versées directement par la CPAM en l'absence de subrogation.
• Moins de transparence sur la part versée par la Sécurité Sociale et celle versée par l'employeur, même si ces informations doivent légalement figurer sur le bulletin de paie.

Important : Selon certaines études du secteur, près de 25% des IJSS subrogées connaissent des complications administratives (retards, erreurs de montant, problèmes de déclaration), ce qui souligne l'importance d'une gestion rigoureuse de ce dispositif.

Comment mettre en place la subrogation de salaire ?

Démarches administratives via la DSN

C'est à l'employeur que revient la mise en place de ce dispositif en s'adressant directement à la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM). Concrètement, au moment de signaler l'arrêt de travail dans la Déclaration Sociale Nominative (DSN), vous devez remplir la partie "Demande de subrogation en cas de maintien de salaire" en renseignant soigneusement les éléments suivants :

• La date de début correspond au début de l'arrêt de travail,
• La date de fin correspond au terme de l'obligation de maintien de salaire (celle-ci ne correspond pas forcément avec la date de fin de l'arrêt de travail).
• Le numéro du compte bancaire sur lequel les indemnités journalières doivent être versées.
• Le code de subrogation approprié dans la DSN (rubrique S21.G00.50 "Suspension du contrat").

La demande de subrogation doit être effectuée dès le premier signalement de l'arrêt de travail et peut être modifiée en cas de prolongation ou de reprise anticipée.

Gestion de la subrogation en paie

Les indemnités versées à l'employé doivent être saisies en paie de manière précise et conforme aux obligations légales. Elles sont calculées en fonction du salaire maintenu, somme de laquelle :

• On déduit le montant brut de l'indemnité complémentaire versée par l'employeur
• On ajoute le montant net des IJSS

Sur la fiche de paye du salarié, toutes ces informations doivent apparaître de manière transparente, notamment :

• Le montant des IJSS nettes perçues par l'entreprise (ligne spécifique non soumise à cotisations)
• Le complément employeur brut (soumis à cotisations)
• La mention "Subrogation" pour identifier clairement le dispositif
• Les dates de l'arrêt de travail concerné

Traitement comptable : Sur le plan comptable, les IJSS subrogées doivent être enregistrées au débit du compte 4387 "Autres organismes sociaux - Produits à recevoir" et au crédit du compte 641 "Rémunérations du personnel". Lors de la réception effective des fonds de la CPAM, l'opération est soldée par un débit du compte 512 "Banque" et un crédit du compte 4387.

Calcul de la garantie du net

La "garantie du net" désigne le mécanisme permettant d'assurer au salarié en arrêt qu'il percevra bien un salaire net au moins équivalent à celui qu'il aurait perçu en travaillant (ou selon le pourcentage prévu par la convention collective).

Formule de calcul :

Garantie du net = Salaire net habituel - IJSS nettes - Salaire net correspondant au complément employeur

Si ce calcul aboutit à un montant négatif, cela signifie que le salarié percevrait moins que ce qui lui est garanti. L'employeur doit alors verser un complément supplémentaire pour atteindre le niveau de garantie prévu.

Exemple concret :

Un salarié avec un salaire net habituel de 1800€ est en arrêt maladie pendant un mois entier. Il perçoit 900€ d'IJSS nettes. La convention collective prévoit un maintien à 90% du salaire brut, ce qui correspond à environ 1620€ nets.

• IJSS nettes : 900€
• Complément employeur nécessaire pour atteindre 1620€ nets : 720€ nets
• Vérification : 900€ + 720€ = 1620€ ✓

Délais de remboursement et suivi

Une fois la demande de subrogation effectuée via la DSN, la CPAM verse les IJSS directement à l'employeur tous les 14 jours en moyenne. Ces versements sont effectués par virement bancaire sur le compte indiqué lors de la déclaration.

Délais à prévoir :

• Premier versement : généralement entre 10 et 21 jours après la déclaration de l'arrêt
• Versements suivants : tous les 14 jours pour les arrêts prolongés
• Régularisation finale : peut intervenir plusieurs semaines après la fin de l'arrêt en cas de prolongations multiples

Suivi et contrôle : Il est essentiel de mettre en place un suivi rigoureux pour :

• Vérifier la concordance entre les montants attendus et les montants reçus
• Identifier rapidement les éventuels rejets ou erreurs de la CPAM
• Rapprocher les paiements reçus avec les arrêts de travail déclarés
• Gérer les situations complexes (prolongations, reprises à temps partiel thérapeutique, etc.)

En cas de désaccord ou de retard important, l'employeur peut contacter directement le service des indemnités journalières de la CPAM dont dépend le salarié.

Quels outils RH pour aider à la mise en place de ce dispositif ?

Pour vous aider, plusieurs logiciels SIRH sont capables de prendre en compte des changements dans l'organisation des fiches de paie comme par exemple dans le cas de la subrogation de salaire.

Grâce au logiciel RH tout-en-un Combo, la subrogation de salaire tout comme d'autres éléments variables de paie sont calculés automatiquement : vous n'aurez ensuite plus qu'à les exporter vers votre expert-comptable ou vers votre logiciel de gestion de paie. La préparation de la DSN est également simplifiée, avec un remplissage automatique des rubriques de subrogation.

Questions fréquentes sur la subrogation de salaire

La subrogation de salaire est-elle obligatoire ?

Non, la subrogation n'est pas obligatoire, y compris en cas de maintien de salaire. Il s'agit d'un choix de gestion laissé à la discrétion de l'employeur. Le salarié peut donc recevoir son complément de salaire de l'entreprise, puis percevoir en parallèle les indemnités journalières auxquelles il a droit directement de la part de la Sécurité sociale. L'employeur doit néanmoins respecter son obligation de maintien de salaire si les conditions légales sont réunies.

Peut-on mettre fin à la subrogation en cours d'arrêt ?

Oui, il est possible de mettre fin à la subrogation en cours d'arrêt, notamment en cas de prolongation de l'arrêt au-delà de la période de maintien de salaire obligatoire. Dans ce cas, l'employeur doit effectuer une déclaration de fin de subrogation via la DSN, et les IJSS seront alors versées directement au salarié par la CPAM pour la période restante.

Que se passe-t-il si la CPAM ne verse pas les IJSS à temps ?

Si la CPAM tarde à verser les IJSS, l'employeur reste tenu de verser au salarié l'intégralité des sommes prévues (IJSS + complément) à la date habituelle de paie. L'employeur doit alors relancer la CPAM et justifier de sa demande de subrogation. En cas de litige persistant, il peut saisir la commission de recours amiable de la CPAM.

La subrogation s'applique-t-elle en cas de mi-temps thérapeutique ?

Oui, la subrogation peut s'appliquer en cas de temps partiel thérapeutique. Dans cette situation, le salarié perçoit un salaire pour les heures travaillées, complété par des IJSS réduites pour les heures non travaillées. L'employeur peut demander la subrogation sur ces IJSS partielles, à condition de maintenir une partie du salaire correspondant.

Comment gérer la subrogation avec le prélèvement à la source ?

Les IJSS sont soumises au prélèvement à la source. En cas de subrogation, c'est l'employeur qui applique le taux de prélèvement du salarié sur la partie correspondant aux IJSS nettes. Le montant prélevé est reversé à l'administration fiscale par l'employeur comme pour un salaire classique. Cette opération doit figurer clairement sur le bulletin de paie.

Quelle différence entre subrogation totale et subrogation partielle ?

On parle de subrogation totale lorsque l'employeur maintient 100% du salaire et perçoit l'intégralité des IJSS. La subrogation partielle intervient lorsque le maintien de salaire est progressif (par exemple, 90% puis 66% selon l'ancienneté). Dans ce cas, la subrogation ne porte que sur la période où le maintien est effectif et supérieur aux IJSS.

Peut-on appliquer la subrogation pour un salarié en période d'essai ?

La subrogation peut être appliquée pendant la période d'essai, à condition que le contrat de travail ou la convention collective prévoie un maintien de salaire durant cette période. Cependant, la plupart des conventions collectives n'imposent pas de maintien de salaire pendant la période d'essai, ce qui rend la subrogation rare dans ce contexte.

Que faire en cas d'erreur dans le calcul des IJSS subrogées ?

En cas d'erreur détectée (montant trop élevé ou trop faible), l'employeur doit rapidement contacter la CPAM pour demander une régularisation. Si le trop-perçu concerne le salarié, l'employeur devra procéder à une retenue sur salaire (dans le respect des limites légales de saisie) ou demander un remboursement volontaire. Il est recommandé de documenter précisément toutes les communications avec la CPAM.

La subrogation est-elle compatible avec les indemnités de prévoyance ?

Oui, la subrogation des IJSS de la Sécurité Sociale est tout à fait compatible avec le versement d'indemnités complémentaires par un organisme de prévoyance. Ces deux dispositifs peuvent coexister : l'employeur subroge les IJSS de base, tandis que les indemnités de prévoyance sont généralement versées directement au salarié (ou subrogées également, selon les contrats).

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