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La comptabilisation des indemnités journalières : le guide

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Julie Saurat
Julie Saurat
Mis à jour le
3/4/2025
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La comptabilisation des indemnités journalières : le guide
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Vous avez un salarié en arrêt de travail pour cause de maladie ? Il peut alors bénéficier, sous certaines conditions, des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) pour compenser l’absence de salaire durant cette période. Pour le versement, deux possibilités : on passe soit par la CPAM, soit par l’employeur via la subrogation de salaire.

Dans le second cas, la comptabilisation des indemnités journalières est obligatoire Quel est l’intérêt de la subrogation ? Quel est le montant des IJSS ? Comment comptabiliser ces écritures de paie en entreprise ? Tout savoir sur la comptabilisation des indemnités journalières avec Combo, votre logiciel de gestion de paie en ligne.

Qu’est-ce que les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) ?

Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) désignent une compensation financière fournie par l’Assurance maladie (CPAM) en cas d’arrêt de travail ou de certains congés indemnisés d’un salarié. Comme l’employeur ne verse plus de rémunération pendant cette période d’arrêt, les IJSS font office de revenus de remplacement.

Les indemnités journalières sont versées dans les cas suivants :

  • Arrêt de travail : maladie non professionnelle, maladie professionnelle, accident du travail ou de trajet ;
  • Congé maternité et assimilés : maternité, pathologique prénatal et postnatal, paternité, adoption, deuil ;
  • Cure thermale ;
  • Temps partiel thérapeutique.

La comptabilisation des indemnités journalières est obligatoire dans certains cas, notamment celui de la subrogation de salaire. Les écritures comptables diffèrent selon le bénéficiaire (salarié ou non-salarié).

Comment bénéficier des indemnités journalières ?

En général, les indemnités journalières de Sécurité sociale sont versées après un délai de carence de 3 jours (sauf exceptions). Mais tous les salariés ne peuvent pas forcément en bénéficier ! Pour un arrêt de travail de moins de 6 mois, il faut au moins remplir les conditions suivantes :

  • Être affilié à un régime de Sécurité sociale (CPAM, MSA…) ;
  • Avoir travaillé au moins 150 heures, au cours des 3 mois précédant l’arrêt de travail ;
  • Avoir perçu une rémunération au moins égale à 1 015 fois le montant du smic horaire au cours des 6 derniers mois.

Les IJSS doivent-elles apparaître sur la fiche de paie ?

Tout dépend du mode de versement des indemnités journalières :

  • Si c’est l’Assurance maladie qui verse directement les IJSS au salarié en arrêt de travail, alors il n’y a pas besoin de le noter sur le bulletin de paie (attention, en revanche, à bien indiquer la retenue sur salaire pour absence !) ;
  • Si c’est l’employeur qui perçoit les IJSS de l’Assurance maladie puis les redistribue au salarié, alors il faut l’inscrire sur la fiche de paie dématérialisée ou papier, dans la catégorie des revenus de remplacement.

🤔 Pourquoi passer par la subrogation de salaire ? Ce dispositif facultatif permet à l’employeur de remettre au collaborateur arrêté un salaire complet. Il verse les indemnités journalières et le complément de salaire. C’est un moyen d’assurer une continuité de paiement tout en facilitant la gestion comptable de l’entreprise. 

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Faut-il comptabiliser les indemnités journalières ?

Tout d’abord, sachez que la comptabilisation des indemnités journalières s’effectue uniquement dans le cas de la subrogation de salaire ! Si ce sont les organismes sociaux qui versent ces sommes compensatoires, alors il n’y a aucun impact supplémentaire sur la comptabilité de l’entreprise (il faut seulement constater la diminution du salaire brut dans les écritures de paie).

La subrogation permet à l’employeur d’avancer le montant des IJSS aux salariés. C’est donc lui qui recevra, par la suite, les indemnités par la caisse d’Assurance maladie. Il détient alors une créance envers les organismes sociaux. Il s’agit donc d’un flux financier à comptabiliser dans l’entreprise.

Comment comptabiliser les indemnités journalières ?

Pour la comptabilisation des indemnités journalières, deux cas sont à prendre en compte : le versement aux salariés et aux non-salariés. On fait le point sur la gestion comptable pour l’un et pour l’autre.

La comptabilisation des indemnités journalières versées aux salariés

Pendant le mois d’absence du salarié, l’employeur doit constater la créance envers les organismes sociaux. Pour ce faire, il réalise l’écriture comptable suivante :

  • Débit du compte 4387 Organismes sociaux – Produits à recevoir ;
  • Crédit du compte 641 Rémunération du personnel.

Puis lors du remboursement des IJSS :

  • Débit du compte 512 Banque ;
  • Crédit du compte 4387 Organismes sociaux – Produits à recevoir.

L’employeur supprime ainsi le décalage entre la charge financière supportée par l’entreprise lors du versement du salaire et la réception des IJSS de la caisse de Sécurité sociale par la suite.

💡 Bon à savoir : si la constatation de la créance et son remboursement de situe dans un même exercice comptable, vous n’avez pas besoin d’ajuster les avances de cotisations sociales sur les indemnités journalières. Par contre, si cette période couvre deux exercices, alors il est conseillé d’effectuer un ajustement avec l’écriture comptable suivante :
  • Débit du compte 486 Charges constatées d’avance ;
  • Crédit du compte 645 Charges sociales.

La comptabilisation des indemnités journalières versées aux non-salariés

Pour les travailleurs indépendants, la comptabilisation des indemnités journalières est différente. Voici l’écriture pour ce cas particulier :

  • Débit du compte 108 Compte de l’exploitant (pour les chefs d’entreprise individuelle) ;
  • Crédit du compte 791 Transfert de charges d’exploitation.
🤔 Attention : dans les sociétés soumises à l’impôt sur les sociétés (IS), les indemnités journalières perçues par le dirigeant ne doivent pas être intégrées dans le bénéfice imposable, même si les cotisations sociales sont prises en charge par la société !

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Julie Saurat
Julie Saurat
Senior Content Manager chez Combo depuis mai 2021. Elle est notamment en charge de tous les contenus publiés sur ce blog. Elle aime écrire (encore heureux), les longues balades sur la plage et parler de sujets RH et légaux.